Situada en la nova seu (any 2003), la Fundació va incrementar la seva capacitat logística que posà al servei de la direcció de la Federació de Cristians de Catalunya i de les noves subfederacions que la formaven: l'Associació de metges cristians de Catalunya i els Equips de Pastoral de la Política i de la Comunicació, en l'àmbit de la qual es creà l'Agencia cristiana de notícies, de modalitat digital, Flama.info. La Fundació Dr. Albert Bonet dóna suport logístic i de redacció a aquesta Agència de notícies.


Fou també en aquelles dates que la Fundació Dr. Albert Bonet inicià una línia d'ajut econòmic a la Federació de Cristians de Catalunya per la causa de beatificació dels membres de l'antiga Federació de Joves Cristians de Catalunya morts martirialment durant els anys 1936-39. Un altra línia d'ajuts es destinen a esdeveniments concrets, convocats per entitats que treballen en la línia de l'ideari de la Fundació. Aquest era el cas de les Jornades «d'Ètica i món contemporani», que anualment organitzava el Seminari de Doctrina i Acció social de l'Església en el marc del Departament de teologia moral de la Facultat de Teologia de Catalunya.


Un dels projectes més significats duts a terme per la Fundació Dr. Albert Bonet, en compliment del seu ideari, ha estat l'edició de llibres sobre el fet nacional impulsats per la expertesa del professor Mn. Antoni M. Oriol Tataret, que va ser patró-secretari d'aquesta Fundació fins al moment del seu traspàs. El seu treball fructificà en tres obres concretes:

  • 1. Fet nacional i magisteri social de l'Església (Reflexió sobre la cinquena part i la conclusió de la Instrucció Pastoral «Valoració moral del terrorisme a Espanya, de les seves causes i de les seves conseqüències» de l'Assemblea plenària de la CEE, novembre 2002). Obra en coautoria amb el també expert Dr. Joan Costa i Bou
  • 2. Nació i Magisteri Pontifici, Proa 2007. Una antologia de 380 textos del Magisteri Pontifici entorn del fet nacional presentats en català i comentats, que abraça els pontificats de Pius XI (21 d'agost de 1937) fins a Joan Pau II (3 d'abril de 2005).
  • 3. NACIÓ. Antologia i comentari de textos del Magisteri pontifici contemporani sobre el fet nacional. Fundació Dr. Albert Bonet, 2014. Es tracta d'una antologia de nou-cents vuit textos presentats en versió original i traducció al català, del Magisteri Pontifici sobre el fet nacional, des de Pius XI fins a Benet XVI.

La Fundació prossegueix el treball en la mateixa línia de recopilar i comentar textos sobre el fet nacional del magisteri pontifici actual, el del papa Francesc. En aquests moments (any 2020), l'antologia compta ja amb un centenar de textos, que seran editats en el futur.